การดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน หมายถึง
กิจกรรมที่ประกอบด้วย ๕ องค์ประกอบได้แก่ การจัดทำป้ายชื่อพรรณไม้ การรวบรวมพรรณไม้เข้าปลูกในโรงเรียน การศึกษาข้อมูลด้านต่าง ๆ การรายงานผลการเรียนรู้ และการนำไปใช้ประโยชน์ทางการศึกษา ซึ่งแต่ละองค์ประกอบมีรายละเอียดดังต่อไปนี้